朱棣是朱元璋的第四个儿子，出生时，朱元璋与陈友谅正打得不可开交，甚至对自己的这个儿子都来不及看上一眼，便又到前线指挥打仗去了。洪武三年（1370年），朱棣十岁，受封燕王。洪武十三年（1380年），朱棣就藩燕京北平，之后多次受命参与北方军事活动，两次率师北征，曾招降蒙古“乃儿不花”，并曾生擒北元大将“索林帖木儿”，加强了他在北方军队中的影响。
朱元璋一共有26个儿子，18个女儿。孝慈高皇后马氏马秀英生有五子，分别是懿文太子朱标、秦愍王朱樉、晋王朱枫、晋恭王朱棡、明成祖朱棣和周定王朱橚。另外的21个儿子由15个妃子所生，名字全是木字旁，几乎用光了冷僻的树名。朱元璋晚年时，长子朱标、次子秦王朱樉、三子晋王朱枫先后去世，故朱元璋四子朱棣不仅在军事实力上，而且在家族尊序上都成为诸王之首。
朱元璋为御侮防患，在位期间曾两次分封诸子为藩王。藩王各拥重兵，坐镇一方，其中尤以秦、晋、燕、宁诸王势力最强。有人提醒明太祖不要重蹈西汉七国之乱和西晋八王之乱的覆辙，朱元璋没有理会。洪武二十五年（1392年）太子朱标病故，其次子朱允炆继立为皇太孙，对诸王势大难制深感忧虑。1399年朱允炆（建文帝）即位后，即与兵部尚书齐泰、太常寺卿黄子澄等密议削藩。当时规定：“尊属拥重兵，多不法”，因此朝廷决定对这些叔辈采取行动。燕王朱棣尤其势大难图，故削藩自朱棣同母弟周王始，周、代、岷、湘、齐诸王先后被削夺。湘王自焚，余皆废为庶人。为图朱棣，朱允炆令张昺为北平布政使，谢贵、张信掌北平都指挥使司，以谢贵控制北平（今北京），另以都督宋忠、徐凯、耿瓛屯兵开平、临清、山海关一带，并调检燕府护卫军士，加强防燕措施。
建文元年（1399年）六月，兵部尚书齐泰逮燕使邓庸下狱并进行审讯，具得朱棣将举兵反状，乃发兵抓燕府官属，并密敕张信逮捕朱棣。张信为朱棣旧部，此时遂降朱棣，朱棣随即为备。七月，朱棣装疯以计擒杀张昺、谢贵，并命燕府护卫指挥张玉、朱能率兵乘夜攻夺北平九门(内城有城门九座)，遂据北平。后以尊祖训，诛“奸臣”齐泰、黄子澄，为国“靖难”为名，誓师出征。
“靖”指平息，扫平，清除。“靖难”代表平定祸乱，平息战乱，扫平奸臣的意思。太祖朱元璋成法中有一条是关于“靖难”的，大意说：为了保证朝廷的正常，如果出现奸臣乱政的情况，藩王可以带兵入京勤王，以“清君侧，靖国难”。朱棣抓住了这点，发动了“靖难之役”。不过太祖的成法里面还有一条，就是皇帝先召唤藩王，藩王才能起兵，且成功铲除奸臣后要五日之内离京，所以这不过是朱棣想要夺取皇位的一个借口而已。
战事之初，因北方诸将多朱棣旧部，降朱棣从战者甚多。朱棣军先后下通州、蓟州、怀柔等城。八月，朱允炆以太祖旧将耿炳文为大将军，率师三十万伐朱棣。先锋抵雄县，为朱棣所袭，九千人全部战死。复战于真定（今河北正定），又大败。朱允炆遂以勋戚李景隆代耿炳文，调兵五十万伐燕，筑垒九门，围攻北平。十月，朱棣亲自率精骑袭大宁（今内蒙古赤峰市的宁城县），执宁王朱权及其妃妾世子，得其部“朵颜三卫”骑兵（相当于雇佣兵，均为蒙古骑兵，战斗力极强），兵力骤增。李景隆乘虚攻北平，但不能克。朱棣长子朱高炽镇守，用冰冻住城墙，使李景隆无法破城。燕王师自大宁返回后，大破李景隆军。朱允炆被迫罢兵部尚书齐泰、太常寺卿黄子澄职，以缓燕师。建文二年（1400年）四月，双方又战于白沟河（今河北省），李景隆再次战败，燕师乘胜围攻济南。山东参政铁铉固守济南，以逸待劳，燕师久攻不下，败还。九月，朝廷升铁铉为山东布政使，改命盛庸代李景隆。
十二月，盛庸率师与燕军会战于东昌（今山东聊城），燕师大败，主将张玉战死。建文帝朱允炆于三年复齐泰和黄子澄的职务。建文三年（1401年）二月，燕师再度南下。三月，败盛庸于滹沱河，再败吴杰等于藁城(河北省西南部)。朱允炆以放逐齐、黄为名，使其外出募师勤王。当时，朱棣虽多胜，但损失颇重，而朝廷军源颇广，燕军于河北、山东一带所攻下的城邑，不久又为朝廷兵所据。明史记载：“当是时，王（指燕王朱棣）称兵三年矣。亲战阵，冒矢石，以身先士卒，常乘胜逐北，然亦屡濒于危。所克城邑，兵去旋复为朝廷守，仅据有北平、保定、永平三府而已。”当年的永平府包括现秦皇岛大部地区，唐山大部地区，辽宁西南部地区。
建文三年（1401年）建文帝朱允炆和燕王朱棣的战争各有胜负。
同年底，有内臣自京师告密，朱棣知南京空虚可图，决计改变战略，于建文四年（1402年）正月率师南下。四月，连破何福和平安二师，五月克泗州、扬州。建文帝遣庆成郡主（朱元璋的侄女）至燕师，乞割地求和，燕王不许。六月，江防都督陈瑄以舟师降燕，燕师渡江，下镇江，直逼南京。谷王朱橞与李景隆开南京的金川门降，南京城陷，宫中火起，朱允炆不知所终。
建文四年（1402年）燕王朱棣攻下了南京
朱棣攻下南京后，在拒绝了他的支持者们反复几天的劝进之后，于1402年7月17日即皇帝位，但不是继承朱允炆的帝位，而是继承明太祖朱元璋的帝位，废除建文年号，建文四年改称洪武三十五年。诏：“今年以洪武三十五年为纪，明年为永乐元年。”大索齐泰、黄子澄、方孝孺等五十余人，榜其姓名曰奸臣。杀齐泰、黄子澄、方孝孺，并夷其族。特说方孝孺，其为明朝大臣、学者、文学家、散文家、思想家。因拒绝为发动“靖难之役”的燕王朱棣草拟即位诏书，被朱棣杀害。
坐奸党死者甚众。朱棣还命令，全部恢复建文所改的一切太祖皇帝制定的成法和官制，以表明其起兵目的在于恢复祖训。
朱棣即位即明成祖，重建奉天殿（旧殿被朱允炆所焚），刻玉玺，封王妃徐氏（开国功臣右丞相徐达嫡长女）为皇后。对靖难功臣进行了封赏。凡建文年间贬斥的官员，一律恢复职务。复周王橚、齐王榑、代王桂、岷王楩旧封。
朱棣在南京即位即明成祖
朱允炆于靖难之役后下落不明，时驸马都尉梅殷在军中，从黄彦清之议，为发丧，追谥孝愍皇帝。至南明弘光元年七月，改庙号惠宗。清乾隆元年上谥号为恭闵惠皇帝，后世有人以其年号而称建文帝。
明成祖首先将建文帝的弟弟吴王朱允熥、衡王朱允熞、徐王朱允尚降为郡王，同年又将已就藩的朱允熥、朱允熞召到燕京，以不能匡正建文帝为由废为庶人，软禁于凤阳。
朱棣的生母质疑
前面说到朱棣生母是孝慈高皇后马氏马秀英，但传闻朱棣篡权而大量篡改正史，说其生母是高丽籍碽妃。碽妃是南京太常寺志所记载的明太祖朱元璋的妃子，后世猜测可能为明成祖朱棣的生母。这个事实记于主管礼仪的机构太常寺的《南京太常寺志》中，后书遗失，但在后来的《国史异考》、《三垣笔记》中有所提及。陵神位的摆布为左一位李淑妃（孝慈高皇后的丧期结束后，李氏被册封为淑妃），右一位碽妃，生成祖朱棣。成祖朱棣的做法就是把自己从一个妃子所生的历史事实篡改成马皇后所生，想以嫡出的身份来正名自己的皇帝位置，因此碽妃被湮没在了历史之河中。
傅斯年则在《明成祖生母记疑》中提出:“成祖引高后以自重……只有一解可以通者，即成祖生于碽氏，养于高后，碽氏为贱妾，故不彰也。……而官书之太常寺志犹如此说，明成祖母本碽妃，理无疑也。……至于碽妃事迹如何，则明代官书既无记载，私家亦鲜述说。”
张正立评议：
本篇主叙明初期朝廷家族内部为夺皇权重演相互伤害的历史悲剧，让人唏嘘。
