洪武元年（1368年）朱元璋在南京称帝后，指挥各路将领进行远征。北进蒙古，南征安南（今越南），西讨吐蕃（西藏），西南平云南。多次对蒙古用兵，并在与蒙古边境一带设置四十余个卫所进行防卫。但远征并非一帆风顺。
洪武五年（1373年）五月，徐达和元兵战于岭北（今蒙古国哈尔和林），遭北元军伏击败绩。秋七月，汤和以右副将军的身份，随大将军徐达北伐，遇敌于断头山，战败。
洪武十年（1378年）夏四月，邓愈为征西将军，沐英为副将军，率师讨吐番，大破之。洪武十四年（1382年）夏四月，徐达率诸将出塞，至北黄河，击破元兵。洪武二十一年（1388年），蓝玉率15万大军出塞追击蒙古军队，直到捕鱼儿海（即今呼伦贝尔草原的西南部贝尔湖），俘获男女七万七千人，大胜而归。
明朝初年的疆域地图
接着朱元璋开启了治国理政的征程，发生了为整顿吏治和为加强集权的明初四大案件。经济领域：洪武十五年（1382年）的“空印案”和洪武十八年（1385年）的“郭桓案”。两案是对涉嫌贪墨的官吏进行大规模的镇压。政治领域：洪武十三年（1380年）的“胡惟庸案”和二十六年（1393年）的蓝玉案。“胡蓝之狱”，是朱元璋滥杀开国功臣的政治案件。而通过这四起大案，朱元璋逐渐巩固了自己的统治。下面按照时间顺序进行简述。
胡惟庸案
洪武六年（1373年），淮西朋党集团的领袖李善长推荐其同乡兼姻亲胡惟庸担任右丞相（李善长与朱元璋起始的密切关系见121篇）。洪武十年（1377年）九月，胡惟庸升任左丞相。七年丞相期间，他在朝中遍植朋党，不遗余力地打击异己，使得淮西朋党集团的势力不断膨胀。许多生杀黜陟等重大案件，往往不向朱元璋请示就擅自加以处理，让权力欲极强的朱元璋，深感宰相专权、皇权旁落的危机。
洪武十二年（1379年）九月，占城（今越南中南部）来贡，胡惟庸和当时的右丞相汪广洋等人匿而不奏，结果被太监告发。明太祖闻知勃然大怒。但胡惟庸和汪广洋将责任推到礼部头上，而礼部则反唇相讥，归咎于中书省。这种相互推诿扯皮，使得朱元璋更为恼火，于是将一干人等全部囚禁起来，让他们招出主谋。不久，汪广洋被处死。接着又下令查究与胡惟庸相关的六部堂属的罪行。
洪武十三年（1380年）正月，御史中丞涂节自首上告胡惟庸谋反。明太祖随即下令逮捕胡惟庸、陈宁和涂节等人，并以“擅权枉法”罪加以处死。胡惟庸被杀后，此案并未了结，他的罪名也在不断升级。洪武二十三年（1390年），朱元璋再兴大狱，有《昭示奸党录》布告天下，乘机又杀了几十家的权臣勋贵。位居“勋臣第一”的太师韩国公李善长因与胡惟庸有勾结而被处死。在胡惟庸案始发时，因为元勋皇亲，李善长已免于追究，但10年以后，七十六岁的李善长被赐死，连同其妻女弟侄七十余人一并处死。自此以后不但明朝没有宰相一职，整个清朝也没有了，中国古代史上从此再无真正的宰相了。
空印案
空印案发生在洪武十五年（1382年）。明朝时每年各个“布政使司”（相当于元朝的“行省”）下属府州县都需派出审计官吏前往京师户部，核对其所在衙门缴纳中央官府的钱粮、军需事宜。因当时交通并不发达，往来路途遥远，如果需要发回重造，势必耽误相当多的时间，所以前往户部审核的官员都备有事先盖过印信的空白书册以备使用。这原本是从元朝既有的习惯性做法。派京官员都习惯用空印文书在京城才填写实际的数目。明太祖朱元璋获知此事后大为震怒，认为这是官员相互勾结的欺君重罪，因而下令处罚所有相关官员。这是一个冤案，其影响之广，范围之大，实属罕见。
郭桓案
郭桓案发生在洪武十八年（1385年），以其涉案金额巨大，对经济领域影响深远而为世人瞩目。当年，朱元璋怀疑北平承宣布政使司、提刑按察使司的官吏李彧、赵全德伙同户部侍郎郭桓等人共同舞弊，吞盗官粮，于是下旨查办，令审刑司拷讯。此案牵连全国的十二个布政司，牵涉礼部、刑部、兵部、工部尚书和侍郎级官员。史书记载：“自六部左、右侍郎以下，赃七百万，词连诸官吏，系死者数万人”。朱元璋在《大诰》感叹说：“古往今来，贪赃枉法大有人在，但是搞得这么过分的，实在是不多！”
蓝玉案
蓝玉也是定远（今安徽定远县）人，其案发生在洪武二十六年（1393年），是明太祖朱元璋借口凉国公蓝玉谋反，株连杀戮功臣宿将的重大政治案件。朱元璋借蓝玉案彻底铲除了将权对君权的潜在威胁，把军权牢牢地控制在自己手中。
蓝玉是洪武时期的主要将领之一。他参加了攻克云南大理和丽江的战役，洪武二十一年（1388年），又率15万大军出塞追击蒙古军队，大胜而归。此后，他又多次北征蒙古，立下赫赫战功，被晋封为凉国公，位居大将军之职。蓝玉统兵多年，在军中颇有威望；麾下骁将十余员，个个勇猛善战。以一介武夫起家的朱元璋，原本就忌讳武人拥兵，而蓝玉却自恃功高势大，骄横不法。在军中，他擅自黜陟将校，进止自专，甚至不听君命。
洪武二十六年二月，锦衣卫指挥蒋瓛告发蓝玉谋反，朱元璋就将他处斩，并族诛三族。平时与蓝玉关系莫逆的许多将校，也都被定位“逆党”，遭到了抄家灭族的下场。因这个案件而被诛杀者多达1.5万人，军中的骁勇将领差不多都被杀戮殆尽。
需要说明的是，蓝玉是开国名将常遇春妻弟。常遇春是太子朱标岳父，蓝玉是太子妃的舅父，因极力维护太子的储君地位,与早已觊觎皇位的燕王朱棣交恶。太子朱标的早逝与这位舅父的垮台不无联系。
朱标是明太祖朱元璋长子，孝慈高皇后马氏所出，是为朱元璋的嫡长子。朱元璋称吴王时，立朱标为王世子，自幼受到悉心教导，明太祖对他寄予厚望，多方培养。洪武元年（1368年）正月，立为皇太子，正式确立他为接班人，可惜洪武二十五年（1392年）因病而亡。
建成南京城墙
或许是与朱升关于“高筑墙”的建议有关，公元1366年到1386年间，朱元璋对南京城进行了大规模的改建，在历时二十多年的时间内，明王朝把南京建成了中国历史上江南的最大都城，使之拥有当时世界上规模最大的城墙。清代《儒林外史》的作者吴敬梓写道：“南京乃是太祖皇帝建都所在，里城门十三，外城门十八，穿城四十里，沿城一转足有一百二十多里”，清楚地记述了南京城墙的来历和规模。
南京明城墙
洪武三十一年（1399年）五月明太祖朱元璋崩于西宫，年七十有一。清朝官方主持编写的《明史》称其“以聪明神武之资，抱济世安民之志，乘时应运，豪杰景从，戡乱摧强，十五载而成帝业。纬武经文，崛起布衣，奄奠海宇，西汉以后所未有也。”
南京明孝陵图片
张正立评议：
朱元璋为强化君主集权，制造多起冤假错案。最瞩目的是废相，皇权没有了相权的制衡，使得集权专制愈加专横跋扈。
